استاد مرتضی مطهری به حضور در حوزه علمیه قم می بالید و علاوه بر حضور در جلسات درس آیت ا...بروجردی،شیفته 3 شخصیت دینی شد،اولی حاج آقا روح ا...خمینی،مدرس برجسته حوزه که علاوه بر تدریس فقه،درس اخلاق او زبانزد و گیرایی خاص داشت،دیگری،علامه محمد حسین طباطبایی،استاد فلسفه و سومی میرزا علی آقا شیرازی،مدرس نهج البلاغه بود.توجه مطهری به این 3 تن، نکته مهمی است که بایستی در مسیر تکامل اندیشه مطهری از آن غافل نماند.می توان 3 وجه عرفان،فلسفه و اسلام عملی را در شیفتگی مطهری به این 3 تن جست وجو کرد.ابعادی که نیاز جامعه دینی ایران در آن آشفته بازار افکار و عقاید بود.
شهید مطهری با وجود اعتقاد به روحانیت به عنوان یک نهاد تأثیرگذار،منتقد آن نیز بود.او برای انتقال پیام خود از هیچ ابزاری غافل نمی ماند.زمانی از بلندگوی رادیو به عنوان گوینده مذهبی بهره برد،زمانی دیگر با نوشتن کتاب«داستان راستان»به انتقال مفاهیم دینی به زبان ساده و قابل فهم برای نوجوانان همت گماشت و دیگر زمان به تقریر کتاب«اصول فلسفه و روش رئالیسم»با پاورقی های مستدل و علمی به رد مارکسیسم می پرداخت.در تألیف کتاب«خدمات متقابل اسلام و ایران»نیز شاید نظر به رد و نقد ناسیونالیسم باستان گرا داشت.
تبعید امام خمینی(ره)از ایران و دستگیری اعضای هیات های موتلفه اسلامی پس از ترور حسنعلی منصور،وضعیت دشواری را برای روحانیون برجسته ای چون استاد مطهری و دکتر بهشتی فراهم ساخت.بهشتی خروج از ایران و رحل اقامت افکندن در آلمان را برگزید،اما مطهری به فعالیت های فرهنگی خود گسترش بخشید.تأسیس حسینیه ارشاد در میانه جاده قدیم شمیران تابلوی نشان داری از تلاش انقلابیون مذهبی در نیمه دوم دهه 40 بود.آیت ا...مطهری علاوه بر شرکت در تأسیس حسینیه، سخنران برجسته آن بود.وی با دعوت از دکتر علی شریعتی و پدرش به جمع سخنرانان حسینیه،آنجا را به یک مرکز تبلیغ نوگرایی دینی مبدل ساخت.دعوتی که بعدها مسائل فراوانی پیرامون حسینیه ارشاد به وجود آورد.حسینیه ارشاد از دو سو مورد هجمه و انتقاد بود.از یک سو رژیم آنجا را پایگاهی برای جذب مخالفین مذهبی خود می دانست و از سوی دیگر مذهبیون سنتی تفکر حاکم بر آن را مباین با اصول اسلامی می انگاشتند.
مطهری اما در این میان سعی در متعادل کردن اوضاع داشت.او سعی داشت حسینیه ارشاد در مسیر و هدفی باشد که بنا شده بود و از همین رو خواستار ضوابطی برای نظارت بر سخنرانان و محتوای سخنان آنان بود.شاید بتوان گفت حسینیه ارشاد مهم ترین فراز زندگی استاد مطهری است.مقطعی که اثرات آن حتی پس از پیروزی انقلاب اسلامی و غیبت مطهری و شریعتی از صحنه اجتماعی ایران همچنان وجود دارد.
در این سال ها سومین نکته ای که دغدغه همیشگی استاد مطهری شد،اندیشه التقاط بود.او که از دوران کودکی و جوانی در اندیشه خطرات ناسیونالیسم باستانگرای رضاشاهی و مارکسیسم بود،در میانسالی سخت درگیر ذهنی و عملی با اندیشه التقاط گردید.انشعاب در سازمان مجاهدین خلق ایران و درغلتیدن عده ای از آنان به مارکسیسم بر این دغدغه مطهری صحه گذاشت،به نظر می رسد رویکرد جدی وی در دهه 50 به نهاد روحانیت حاصل چنین وضعیتی بود.او که اعتقادی همراه با انتقاد به این نهاد داشت،سعی کرد به بازسازی و متشکل ساختن آن بپردازد.از همین رو جامعه روحانیت مبارز که در غیاب امام خمینی(ره)وظیفه سازماندهی مبارزات نیروهای مذهبی علیه رژیم را داشت،در این دهه با راهبری آیت ا...مطهری انسجام بیشتری یافت.برگزاری موفقیت آمیز راهپیمایی های مردمی در سال های 56 و 57 که الگویی از تظاهرات مذهبی شیعیان بود،نشان از دوراندیشی و توفیق مطهری در اهتمام به تشکیل جامعه روحانیت مبارز داشت.با پدیدار شدن فروپاشی رژیم پهلوی، آیت ا...مطهری به عنوان مشاور امین رهبر انقلاب راهی پاریس شد تا به رایزنی درباره آینده انقلاب بپردازد.در همین سفر بود که وی ماموریت یافت به همراه معتمدان خویش،شورای انقلاب را پی ریزی کند.شورایی که نقش اساسی در انتقال نظام و زمینه سازی مقدمات ورود امام خمینی(ره)به خاک وطن داشت.بر این اساس او در این زمان مسوولیتی دیگر نیز برعهده گرفت و آن تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی بود. ریاست همزمان مطهری بر شورای انقلاب و کمیته استقبال نشان از موقعیت او در نزد رهبر انقلاب و در میان انقلابیون داشت،دغدغه های مطهری نیز در این مسوولیت ها نمایان بود.او از سویی بر نقش ارشادی روحانیت تاکید داشت و از سویی بر عدم بهره بردای نیروهای التقاطی و غیر مذهبی از تابلو انقلاب اسلامی اصراری وسواس گونه می کرد.به طوری که از فرصت طلبی های سازمان مجاهدین خلق در استقبال از امام خمینی(ره)و سخنرانی پدر رضایی ها در این مراسم جلوگیری کرد.
پیشنهاد نخست وزیر دولت موقت به رهبر انقلاب از دیگر وظایف شورای انقلاب تحت ریاست استاد مطهری بود.شورای انقلاب در مرحله انقلابی و در غیاب نهاد قانوگذاری مجلس شورا،نقش نظارتی بر دولت را ایفا می کرد.هرچند انتخاب مهندس مهدی بازرگان به پیشنهاد شورای انقلاب بود،اما گویا استاد مطهری در این میان نقش مهمی داشته است.مطهری همچون امام خمینی از واگذاری مسوولیت های اجرایی به روحانیان پرهیز داشت،اما به نظر می رسد همگنان او در شورای انقلاب به دلیل احتراز امام خمینی(ره)و همچنین عدم تجربه روحانیت در امور اجرایی با این امر موافقت داشتند.نکته اینکه رهبر فقید انقلاب پس از گذشت زمان و سیر حوادث از نظر خود عدول کرد،اما آیت ا...مطهری فرصت حیات نیافت تا محک نظر خود را در عرصه عمل مشاهده کند.شاید بتوان تفاوت نظر استاد مطهری با دیگر روحانیون شورای انقلاب را در نپیوستن او به حزب جمهوری اسلامی جست وجو کرد.درحالی که آیات بهشتی،خامنه ای،موسوی اردبیلی، هاشمی رفسنجانی و باهنر سنگ بنای حزب جمهوری اسلامی را به عنوان تشکل سیاسی مذهبیون پی ریختند،آیت ا...مطهری از حضور در جمع دوستان غایب ماند.
آیت ا...مطهری در مقام رئیس شورای انقلاب از وظایف نظارتی شورای مذکور بر عملکرد دولت موقت غافل نبود و شاید بتوان از مجموع آنچه در این مدت بین دو نهاد مزبور گذشت،بر نظارت دقیق مطهری انگشت نهاد.سرانجام یک ماه پس از تعیین جمهوری اسلامی به عنوان نظام منتخب مردم ایران،آیت ا...مطهری توسط گروهک فرقان به شهادت رسید.هرچند ترور وی توسط فرقان پایانی بر حیات دنیوی شهید مطهری بود،اما می توان این فاجعه را آغازی بر دغدغه های او در باب التقاط دانست.