1. آیه ی پنجم سوره ی برائت كه علی علیه السلام ضمن چهل آیه ی اول سوره ی برائت مأمور ابلاغ آنها شد، آیة السیف خوانده شده است و حتی برخی آن را ناسخ آیه ی «لااكراه فی الدین» و غیره دانسته اند.

در تفسیر المیزان، جلد 9، ص 166 از تفسیر قمی نقل می كند كه سیره ی رسول خدا پیش از نزول سوره ی برائت این بود كه نجنگد جز با كسی كه با او می جنگد و این آیه نازل شده بود: فان اعتزلوكمفلم یقاتلوكم و القوا الیكم السلم فما جعل اللّه لكم علیهم سبیلاً(سوره ی نساء، آیه ی 90) . رسول خدا با احدی كه از او كناره گیری كرده بود نمی جنگید تا اینكه سوره ی برائت نازل شد و امر شد به پیغمبر كه بجنگد اعم از كسی كه كناره گیری كرده یا كناره گیری نكرده است، به استثنای كسانی كه پیغمبر با آنها عهد بسته است كه در نص آیه استثنا شده اند.

1. در اینكه پیمان بر طبق مصالحی جایز بوده و پیغمبر پیمان می بسته شكی نیست، و در اینكه نقض پیمان به هیچ وجه جایز نبوده باز هم شكی نیست (المیزان، جلد 9، ص 195) ولی آیا قبل از آیات برائت جایز بوده عهد و پیمان برای همزیستی و بعد از آن جایز نیست و یا اینكه باز هم معاهده و صلح ولو با مشركین جایز است؟ 2. مسأله ی دیگر این است كه بنا بر عدم جواز عهد و پیمان با مشرك قهراً باید گفت همزیستی به هیچ وجه جایز نیست، ولی بنا بر جواز عهد و پیمان باید گفت تازه مسأله به این صورت مطرح است كه اگر عهد و پیمانی در كار نباشد، تهاجم ابتدایی برای قلع و قمع ریشه ی كفر و بت پرستی ولو اینكه تعرضی از آن طرف نشده باشد، جایز است یا نه؟ ممكن است گفته شود آنچه از آیات برائت فهمیده می شود این است كه به این دلیل باید با آنها جنگید كه اولاً عهد و پیمانی در كار نیست، ثانیاً از ناحیه ی آنها احساس خطر می شود، زیرا می فرماید:

كیف و ان یظهروا علیكم لا یرقبوا فیكم الًّا ولا ذمّة یرضونكم بافواههم و تأبی قلوبهم و اكثرهم فاسقون. . . لایرقبون فی مؤمن الًّا ولا ذمّة و اولئك هم المعتدون. . . الاتقاتلون قوماً نكثوا أیمانهم و همّوا باخراج الرسول و هم بدؤكم اوّل مرّة. . . 3. در تفسیر المنار، ج 11، صفحه ی 123 تحت عنوان «فی احكام القتال و المعاهدات والصلح و هی 20 حكماً» حكم اول را برائت از مشركین عرب می داند و علت آن را روش خاص آنها در مخالفت باپیغمبر تا حد امكان معرفی می كند و لهذا امر به برائت شد.

در حكم دهم می گوید (ص 125) :

وجوب قتال المشركین كافة الاّ ان یسلموا و هو نص الایة الخامسة المعروفة بایة السیف و قوله فی الایة 36: «و قاتلوا المشركین كافة كما یقاتلونكم كافة» (از نظر مؤلف مفاد آیه ی سیف و این آیه یك مفاد است) و وجهه ما علم من جملة الایات فی قتال مشركی العرب و هو عدم قبول الجزیة منهم و عدم اقرارهم علی السكنی والمجاورة للمسلمین فی بلادهم مع بقائهم علی شركهم لانهم لا امان لهم و لا عهد، فیمكن ان یعیش المؤمنون معهم لسلام.

4. تفسیر المنار، ج 11، ص 128، حكم ششم از قواعد و اصول سیاسیة اسلامیة را اینچنین ذكر می كند:

ان القبائل والشعوب التی لیس لها دین و لا شرع یحرم علیها نقض العهود و حرب (كذا) علیها لكنها للایمان، لا یجب التزام معاهدتها السابقة و لا تجدید ما انتهت مدته منها كما تراه مفصلاً فی الایات الثلاث عشرة الاولی من السورة (سورة البرائة) و دول الافرنج تعمل بهذه القاعدة فلانعقد المعاهدات الاّ مع الدول المنظمة التی تلتزم الشرایع و القوانین الدولیة.