پژوهشكده تاكنون موفق شده است، نمودار تشكیلات سازمانی، پستها و شرح وظایف واحدهای ذیربط خود را به تصویب سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی جمهوری اسلامی ایران برساند و با همكاری و مساعدت مسئولین محترم دولت، مجوز استخدام رسمی برای اعضای هیات علمی و كارشناسان مورد نیاز خود را دریافت كند. در حال حاضر، پژوهشكده از همكاری اعضای هیات علمی دیگر دانشگاهها و موسسات پژوهشی كشور جمهوری اسلامی ایران و نیز صاحبنظران حوزه‌های علمیه به صورت قراردادی (نیمه وقت و تمام وقت)، استفاده می‌كند.
گروههای فعال پژوهشكده به شرح زیر می باشد:
· گروه فقه و مبانی حقوق اسلامی به مدیریت حضرت آیت الله سید محمد موسوی بجنوردی
· گروه عرفان اسلامی به مدیریت سركار خانم دكتر فاطمه طباطبایی
· گروه اندیشه سیاسی در اسلام به مدیریت دكتر محمد حسین جمشیدی
· گروه جامعه شناسی انقلاب اسلامی به مدیریت دكتر علی محمد حاضری
· گروه تاریخ انقلاب اسلامی به مدیریت دكتر محسن بهشتی‌سرشت