شورای‌ پژوهشكده‌ عالیترین‌ مرجع‌ سیاستگذاری‌ و نظارت‌ بر فعالیتهای‌ علمی‌ و پژوهشی‌ پژوهشكده‌ است‌ كه‌ انتخاب‌ اعضای‌ آن‌ به‌ عهده هیات‌ امنا می‌باشد.

اعضای‌ شورای‌ پژوهشكده‌ شامل:

1- مسئول پژوهشكده 2- معاون پژوهشی و آموزشی پژوهشكده 3- مدیران گروهها(عضو هیات علمی) 4- سه تا هفت نفر به انتخاب رئیس هیات امنا (به پیشنهاد مسئول پژوهشكده و تایید رئیس هیات امنا) می‌باشند. ‌