این پژوهشكده به موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (س) وابسته است و با نظارت هیات امنایی متشكل از افراد ذیل، اداره می‌شود:
· تولیت مؤسسة تنظیم و نشر آثار امام خمینی (س) و رئیس هیأت امنا، آیت الله حاج سید حسن خمینی
· آیت الله موسوی بجنوردی
· خانم دكتر فاطمه طباطبایی
· وزیر علوم، تحقیقات و فناوری
· معاونت برنامه‌ریزی ونظارت راهبردی ریاست جمهور
· رئیس پژوهشكده امام خمینی (س) وانقلاب اسلامی
· قائم مقام مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (س)
· حجت الاسلام و المسلمین مجید انصاری
· دكتر نجفقلی حبیبی
· دكتر علی محمد حاضری
· دكتر حسن عابدی جعفری