معاونت آموزش بخش عمده‌ای از امور آموزشی مؤسسه را در سه مقطع كارشناسی، كارشناسی ارشد و دكتری، و هم‌چنین آموزش‌های آزاد بر عهده دارد.
این معاونت كلیه فعالیت‌های آموزشی خود را بر اساس تصویب شورای عالی حوزه، شورای عالی انقلاب فرهنگی و با كسب مجوز و نظارت رسمی وزارت علوم تحقیقات و فن‌آوری انجام می‌دهد كه شامل برگزاری رشته‌های چهارده‌گانه: اخلاق، ادیان، عرفان، فلسفه، كلام، حقوق، روان‌شناسی، علوم قرآنی، علوم تربیتی، علوم سیاسی، اقتصاد، جامعه‌شناسی، تاریخ و مدیریت در مقطع كارشناسی و گرایش‌های ارشد ودكترا می‌شود.
هدف اصلی این معاونت ایجاد فضا و امكانات لازم برای تربیت و رشد محققین و نظریه‌پردازانی است كه با تسلط بر مبانی اسلامی بتوانند نظریه‌های مختلف در علوم انسانی را نقد و بررسی، و به تبیین دیدگاه اسلام در آن زمینه پرداخته و پاسخ‌گوی نیازهای فكری و فرهنگی جامعه باشند.
معاونت آموزش از شش مدیریت تشكیل یافته است كه هر مدیریت عهده‌دار تحقق بخشی از اهداف آن می‌باشد.

  * مدیریت برنامه‌ریزی و ارزیابی آموزشی

    * مدیریت امور آموزش

    * مدیریت تحصیلات تكمیلی

    * مدیریت نیمه‌حضوری

    * مدیریت آموزش‌های آزاد

    * مدیریت پذیرش