روز هشتم ماه صفر سال 1327 هجری قمری در یزد و در خانواده‌ای روحانی، كودكی زاده شد كه او را محمد نام نهادند. پدرش، مرحوم آقامیرزاابوطالب، از عالمان وارسته آن سامان بود كه در مسجد روضه‌ی محمّدیه، معروف به حظیره، اقامه‌ی جماعت می‌كرد و محل رجوع مردم بود. به جهت خط خوشی كه داشت، در تنظیم اسناد عقود و معاملات مردم می‌كوشید. پدربزرگش میرزامحمد كرمانشاهی نیز مرجع حل مشكلات مردم و از روحانیون دامنه‌ی وسیع كویر بود. او نیز فرزند مرحوم آخوند ملامحمدمهدی كرمانشاهی بود كه توسط فتحعلی شاه قاجار به یزد تبعید گردیده بود و به سال 1236 ه.ق در آن شهر دار فانی را وداع گفت.

نسب شریف «صدوقی» بر اساس آنچه كه بر سنگ مزار آخوند ملامهدی كرمانشاهی حك شده است، به چهره‌ی والای شیعه، شیخ جلیل فقیه، ابوجعفر، محمدبن‌علی بن حسین بن موسی بن بابویه قمی معروف به «شیخ صدوق» رضوان‌الله تعالی علیه می‌رسد، محمد در در هفت سالگی پدرش را از دست داد و در نه سالگی مادر را و بدینسان در اولین مراحل حیات دو یاور خود را از دست داد. با از دست دادن پدر پسر عمویش میرزا محمد كرمانشاهی سرپرستی او را به عهده گرفت.[1]