سرانجام بعد از سالها تحقیق و تدریس و عمری سراسر پارسائی مرغ روح آن عارف فرزانه و فیلسوف و حكیم عالیقدر، پس از یك بیماری طولانی در حوالی ساعت ده صبح روز پنجشنبه، سوم اردیبهشت 1332 ش، برابر با نهم شعبان 1372 ق در تهران و در حالی كه مشغول افاضه مطالبی در مسئله «شق القمر» بود و گاه گاه بلند میفرمود: یا رحمن و یا رحیم یا ارحم الراحمین»، به عالم قدس پركشید و خطه خاك را از انوار آن وجود تابناك محروم ساخت.[1]
پيكر مطهر آن مرحوم به قم منتقل شد و پس از تشييع با شكوهى، در جوار كریمه اهلبیت (ع) ، حضرت فاطمه معصومه (س) ، زدیك مرقد مرحوم آیتاللّه حاج شیخ عبدالكریم حائری (ره) در مسجد بالاسر مبارك به خاك سپرده شد.
[1] - اساس التوحید، مقدمه آقاي صدوقى، ص 15.