نخستین معلم پدرش بود، حاج علی اكبر برای تربیت چنین فرزندی از جان و دل كوشید[1]

حاج میرزا علی آقا در سال 1316 ه.ق راهی اصفهان شد و بخشی از تحصیلاتش را در مدرسه نیم آورد - واقع در انتهای بازار بزرگ اصفهان - گذراند.

جاذبه معنوی مدرسان این مدرسه، خصوصا آقا سید محمد باقر درچه ای، موجب شده بود تا علی به این مكان روی آورد. مرحوم درچه ای یكی از علما و فقهای مشهور اصفهان بود. به طوری كه پس از درگذشت آیت الله سید اسماعیل صدر[2] در كاظمین (1338 ه.ق) اهالی اصفهان و برخی نقاط ایران به ایشان رجوع كردند[3]

و بزرگانی چون مرحوم آیت الله بروجردی و شهید مدرس نزد وی شاگردی كرده اند.

زمانی كه حاج میرزا علی آقا از مكتب آیت الله درچه ای استفاده می كرد، دو نام آور عرصه اندیشه آخوند ملامحمد كاشی و جهانگیر خان قشقایی مشغول تربیت شاگردان در میدان حكمت و فلسفه بودند، نیم قرن فلسفه ملا صدرا را در اصفهان تدریس می كردند. مرحوم آیت الله بروجردی آخوند كاشی را مجتهد در معقول و منقول معرفی كرده است و می گویند: هنگام شب و سحر ذكر ملكوتی «یا سبوح» «یا قدوس» از حجره این حكیم بلند بود و شخص موثقی خاطر نشان ساخته است. احساس می نمودم درختان با این ذكر گویی با وی هم نوا می باشند[4]. فیلسوف، فقیه و حكیم ربانی جهانگیر خان قشقایی استاد دیگر حاج میرزا علی آقا است كه حاج شیخ عباس قمی از وی به عنوان عالم جلیل و فاضل نبیل و صاحب مهارت در معقول، منقول و عرفان یاد كرده است[5].

حاج میرزا علی آقا در بوستان شیخ اسدالله قمشه ای (1297 - 1334 ه.ق) كه بهاری كوتاه داشت، گشت و گذاری كرد و ذهن مشتاق خود را از رایحه دانش و تقوای این مرد الهی، عطر آگین ساخت[6]

شیخ عبدالحسین محلاتی (1270 - 1312 ه.ق)[7] در مدرسه صدر اصفهان دروس خارج را تدریس می نمود، یكی دیگر از اساتید حاجی میرزا علی آقا بود[8].

آیت الله العظمی حاج آقا حسین بروجردی (1292 - 1381 ه.ق) مرجع عظیم الشأن قرن اخیر دراصفهان، به دلیل تسلط بر منابع، تشریح مبانی فقه و اصول با زبانی رسا و قابل فهم، حوزه درسی گرم و پر رونقی داشت و یك صد نفر در آن حضور می یافتند. حاج میرزا علی آقا شیرازی علاوه بر آنكه از شاگردان برجسته آیت الله بروجردی محسوب می شد، رابطه ای تنگاتنگ با آن فقیه داشت و استادش از همت عالی، علو طبع و حالات اخلاقی وی بر خویشتن می بالید.

حاج میرزا علی آقا شیرازی مباحثی، چون فقه، اصول، رجال و درایه را نزد حاج آقا میرزا كمال الدین ابوالهدی كرباسی (متوفی 1356 ه.ق) كه عالمی فقیه و زاهدی مجتهد بود، فرا گرفت[9].

شیخ محمد حكیم خراسانی گنابادی اصفهانی، از مفسران و حكمای معاصر است كه بعد از درگذشت آخوند كاشی و جهانگیرخان قشقایی، استاد مسلم فلسفه در اصفهان بود. شهید مطهری می نویسد : «حاج میرزا علی آقا از نظر سنی با حكیم خراسانی تفاوت چندانی نداشته و با معظم له و حاج آقا رحیم ارباب دوستی در كمال صمیمیت داشته اند اما با توجه به اینكه فلسفه را از بزرگسالی تحصیل كرده به احتمال زیاد از محضر دوست صمیمی اش بهره مند شده است[10]. چون حاج میرزا علی آقا از دوران نوجوانی به آموزش طب علاقه داشت و احساس می كرد با فراگیری آن می تواند خدمتی به جامعه انجام دهد، به محضر حاج میرزا محمد باقر حكیم باشی (متوفی 1327 ه.ق) از اطباء معروف راه یافت[11].

حاج میرزا علی آقا شیرازی كه مدتی از جوار بارگاه مقدس مولای متقیان دور مانده بود، نگاه مشتاقش همیشه راه نجف را می كاوید، گویی این ندا از نجف گوشش را نوازش می داد:

گرفتم این كه ز ما چند گاه ماندی دور

دوباره باز به آغوش ما در آیی زود

هنگامی كه وی وارد نجف شد، حوزه های علمیه این شهر در اوج شكوه و مزین به وجود فقیهانی فرخنده و فرزانگانی والا مقام بود.از شخصیت هایی كه حاجی به محضرشان شتافت و از اندوخته های علمی آنان استفاده كرد، شیخ الشریعه اصفهانی (1266 - 1339 ه.ق)[12]. ملا محمد كاظم خراسانی (1255 - 1329 ه.ق) و سید محمد كاظم یزدی (1248 - 1337 ه.ق) كه از مفاخر شیعه و استونه های عظیم فقاهت به شمار می آیند، می توان نام برد.

احتمال قوی حاج میرزا علی در سال 1323 ه.ق به اصفهان عزیمت نمود، و خود می گوید : «در جریان مشروطه خواهی به اصفهان آمدم[13]...» [14]