نخستین مكتب درسی و محفل تربیتی سید محمد حجت محضر پر از صفا و معنویت پدر بود؛ او در زادگاه خویش به جهت ذكاوت و هوش سرشار توانست در اندك زمان علاوه بر ادبیات معمول و مقدمات فقه و اصول با علوم عقلی و ریاضیات نیز آشنا شود. آقا سید محمد علاوه بر این علوم، در علم طب كه معروف به طب قدیم بود وارد شد و آن را فراگرفت. همچنین وی با علم فیزیك و شیمی نیز در همان دوران جوانی آشنا گردید.
چنانچه از گفته های خود آقای حجت بر می آید وی برای فراگیری برخی از كتب حوزه، نزد استاد حاضر نشده است، بلكه با مطالعه خویش توانسته حتی آن را تدریس كند. آقای رازی از زبان وی می گوید: به حقیر فرمودند همه شرح كبیر موسوم به ریاض سید علی را در نزد پدر خود در تبریز خواندم و جلدین شرح لمعه را با مطالعه تنها یعنی بدون اینكه نزد استاد خوانده باشم دو دوره در تبریز درس گفتم و پس از تكمیل سطوح به نجف اشرف عزیمت نمودم[i].
[i] . آثار الحجة، رازی، ج 1، ص 93 به نقل از ستارگان حرم شماره 1