در سال 1349 قمری آیت الله سید محمد حجت در قم اقامت گزید[1] و تدریس در این حوزه را آغاز نمود. در آن روزگار حوزه علمیه قم در سرآغاز شكوفایی خود قرار داشت و در رأس این حوزه علمیه انسان بسیار بزرگ و عالم اندیشمند چون آیت الله شیخ عبد الكریم قرار گرفته و این حوزه در سایه توجه و تلاش های ایشان می رفت كه از غربت عزلت در فراموشی، بار دیگر در جهان اسلام مطرح شود و نامش شهره عالم گردد. آیت الله حائری كه از سال 1340 هجری قمری مشغول سامان دادن این حوزه بود، تا زمان ورود آیت الله حجت كوه كمره ای كه نه سال از این اقامت سپری می شد، توانسته بود كارهای بسیار اساسی را انجام دهد و در واقع بنیان آن حوزه بزرگی كه می رفت تا مهد پرورش و تربیت انسان های بزرگی چون امام خمینی و  مراجع بزرگ تشیع گردد گذاشته شده بود. لیكن این برای آیت الله حائری به معنای پایان یافتن مسئولیت نبود؛ بلكه برای ایشان كه هنوز به عظمت حوزه علمیه قم می اندیشید، حضور اساتیدی چون آیت الله حجت كه تجربه تدریس و تربیت سال های متمادی حوزه علمیه نجف را داشت، بسیار مبارك و مغتنم بود آیت الله حائری از همان ابتدای اقامت آیت الله حجت در قم با ایشان نسبت بسیار نزدیكی را برقرار می سازد و آیت الله حجت در عین تدریس در حوزه، یكی از ملازمین و مشاورین آیت الله حائری نیز قرار می گیرد.

دوره زعامت

آیة الله حائری در سال 1355 هجری قمری رحلت نمود لیكن میراث گرانقدر او كه همان حوزه علمیه بزرگ قم بود با شكوه و عظمت باقی ماند. آیت الله حجت كوه كمره ای از جمله سه تن از كسانی بود كه آیت الله حائری امور اداره حوزه علمیه قم را برای آنها وصیت و سفارش كرده بود.[2] چنانچه در كتاب علمای معاصرین آمده است حاج شیخ عبدالكریم آقا یزدی حائری (پیش از آنكه) بدرود جهان گفته باشد (آیت الله حجت) را به نماز خواندن در جای خود تعیین و به وصایت و نیابت او در انجام كلیه امور مذهبی چند ماه پیش از وفات خود تنصیص نمودند.[3]

قبل از رحلت آیت الله حائری ]موانع[ مرجعیت آیت الله حجت نیز برطرف گردید. وی به لحاظ اینكه در زمان حیات آیت الله حائری مورد توجه ایشان بود و آیت الله حائری احتیاطات خود را به ایشان ارجاع می دادند؛ كم كم دارای مقلد شده تا فوت مرحوم حاج شیخ و پس از ایشان جمع كثیری از مقلدین حاج شیخ به ایشان گرویدند.[4] با رحلت آیت الله اصفهانی و آیت الله قمی، مؤمنین از سراسر جهان اسلام به ایشان و آیت الله بروجردی متوجه می شوند.[5]

دوره جدید

... در دوره پس از رحلت آیت الله حائری هر چند همچنان فشارهای حكومت پهلوی بر حوزه ها وجود داشت لیكن حوزه علمیه در جهان مختلف دارای استحكام و ثبات بود و حكومت پهلوی نیز كه این بار پسرش محمد رضا در رأس امور بود اندكی محتاطانه با علماء و حوزه بر خورد می كرد. علما در این دوره توانسته اند علاوه بر استحكام پایه های حوزه علمیه به گسترش آن در قم و سایر شهرهای ایران نیز بپردازند.

آیت الله حجت در این دوره توانسته است چندین كار مهم و اساسی در حوزه علمیه قم انجام دهد. وی پس از قرار گرفتن در رأس حوزه در كنار سامان دادن به وضع معیشتی طلاب كه آن روزها طلاب به سختی زندگی خود را می گذراندند، در جهت اسكان و فراهم ساختن زمینه ای رشد و تحصیل آنان نیز تلاش كرد. مدرسه حجتیه ایشان كه به وسعت 13 هزار متر مربع با 126 حجره و با مدرس و مسجد ساخته شد در همین راستا بود. آیت الله حجت در كنار این مدرسه كتابخانه ای نیز تأسیس كردند كه امروزه محل مطالعه طلاب و محققین است. از دیگر تلاشهای آیت الله حجت جمع آوری كتابهای خطی و نسخه های خطی از نوشته های علماء بزرگوار بود كه امروزه ذخایری بسیار گرانسنگ از گذشته است.[6] - [7]