حجت الاسلام والمسلمین علیرضا قائمی نیا، عضو هیئت علمی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، ضمن بیان این مطلب در مورد اندیشه و آثار شهید مطهری گفت: معتقدم که فعالیت های علمی استاد شهید مطهری دارای دو بخش است؛ بخش اول مربوط به دوره اول فعالیت های علمی ایشان است که در این دوره است که شرح کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم را نوشته و این قبیل بحث ها را مطرح کرده است و این بحث ها بیشتر صبغه فلسفی دارد؛ یعنی برخورد فلسفی با اندیشه های مارکسیست ها و گروه انحرافی دارند.
سردبیر فصل نامه ذهن در ادامه سخنانش افزود: این دوران تقریبا تا حدود هفت سال قبل از انقلاب اسلامی ادامه پیدا می کند و دوره دوم اندیشه ایشان که به اعتقاد من دوره پخته تر اندیشه ایشان است، بیشتر به مباحث کلامی، فلسفه سیاسی و ... است که با مباحث ملموس و عینی جامعه اسلامی بیشتر پرداختند و سخنرانی هایی که داشتند و بعدا به صورت کتاب درآمده مانند اسلام و مقتضیات زمان و ... از این قبیل است.
قائمی نیا در ادامه سخنانش اذعان کرد: به نظرم اندیشه های ایشان ر این دوره بیشتر خصلت کاربردی تر پیدا کرد و از فضای مجرد و انتزاعی دور شده و تا حدی شکل اجتماعی و عملی پیدا کرده و هم راهگشای مباحث جدیدتری در آن دوره شده است.
نویسنده کتاب «درآمدی بر منشأ دین» در ادامه سخنانش تصریح کرد: اندیشه شهید مطهری دارای ذاتیات و عرضیاتی است علاوه بر این متدولوژی و روش برخورد ایشان با افکار باید دنبال شود؛ یعنی هم روشی که در برخورد با مباحث دینی و مطالعات جدید داشته باید کشف شود و هم مسائل دیگر ذاتی و عرضی تفکر ایشان. این که بر چه چیزهایی خیلی تأکید می کند و چه چیزهایی را حاشیه می داند، باید این ها را به طور جدی دنبال کرد. این دو نکته را بسیار بااهمیت می دانم.
عضو هیئت علمی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اظهار کرد: به نظرم مباحث شهید مطهری باید مورد ارزیابی انتقادی قرار بگیرد و مانند هر متفکر دیگر برخی از مباحث ایشان قابل نقد و ارزیابی است، البته باید منصفانه و به دور از جنجال های سیاسی با ابزارهای منطقی و معرفت شناسی خاص این کار صورت گیرد.
نویسنده کتاب «وحی و افعال گفتاری» تأکید کرد: استاد شهید مطهری دارای نوآوری هایی در فلسفه بودند، اما بیشتر در جریان نوصدرایی قرار می گیرند. پاورقی های اصول فلسفه و روش رئالیسم در مباحث معرفت شناسی دارای بحث های جدیدی است.
نویسنده کتاب «وحی و هرمنوتیک» تصریح کرد: بیشتر نوآوری های شهید مطهری را در متدولوژی ایشان می دانم که هنوز پنهان مانده است و نیز در مباحث جزئی و تعلیقاتی که دارند. علاوه بر این پایه گذار بسیاری از مباحث در کلام جدید هستند و نوآوری های ایشان در این بخش خیلی مشخص است.