بعد مرحوم آخوند به یك مطلب دیگر در ضمن اشاره می كنند. در باب ماهیت، میان ماده و جنس و نیز میان صورت و فصل تفاوت قائل می شوند. می گویند شی ء درخارج مركب است از ماده و صورت، و از نظر ذهنی مركب است از جنس و فصل.

بعد می گویند جنس به ازای ماده است و فصل به ازای صورت، یعنی جنس از ماده انتزاع شده است و فصل از صورت. ممكن است گفته شود كه اگر چنین است دیگر نیازی به دو اسم نیست، به جای ماده و صورت بگویید جنس و فصل یا به جای جنس و فصل بگویید ماده و صورت. چرا می گویید آنچه كه در خارج مركب است، از ماده و صورت مركب است اما به تحلیل ذهنی از جنس و فصل مركب است؟ وقتی می گویید جنس از ماده اخذ شده است، پس وجود عینی جنس می شود ماده، و وجود ذهنی ماده می شود جنس؛ اختلاف فقط به ذهن و خارج است. اگر چنین است نوع هم به اعتبار وجود خارجی اش باید نام دیگری داشته باشد در حالی كه ندارد.

پاسخ می دهند كه ماده و جنس و نیز صورت و فصل یكی نیستند. اگر می گوییم مأخذ جنس همان ماده است نه معنایش این است كه جنس صد در صد همان ماده، و ماده همان جنس است، بلكه مقصود این است كه شی ء واحد به اعتباری ماده است و به اعتباری جنس. پس اگر می گوییم «مأخذ» جنس، ماده است، این اشتباه رخ ندهد كه ماده از آن حیث كه ماده است مأخذ جنس است، بلكه شی ء واحد به اعتباری ماده است و به اعتباری جنس.