مرحوم آخوند بعد عبارتی نقل می كند كه به عقیده ی ایشان حاكی از آن است كه بویی از حركت جوهری به مشام گوینده ی آن رسیده است. عبارت چنین آغاز می شود: «و بهذا یعلم أن النفس لیست بمزاج» كه اشاره به همان مسئله ی معروفی است كه مورداختلاف روحیون و مادیون است كه آیا نفس انسان حاصل تركیب اجزاء مادی است یا نه. می گویند نفس یعنی حیات، و حیات هم حاصل تركیب اجزاء مادی است.

یكی از مسائلی كه در باب نفس خواهند گفت این است كه چون می گویند ماده در سیلان است و هیچ جزئش در دو آن باقی نیست بنابراین مزاج كه یك كیفیت مادی و تابع خود ماده است امری سیال است و به صورت یك امر باقی و مستمر در طبیعت نیست. آن شخص می گوید ما در خودمان یك وجود باقی و مستمر را احساس می كنیم. من به خودم علم حضوری دارم و به علم حضوری و شهودی درك می كنم كه همان حقیقتی هستم كه در بیست سال یا پنجاه سال پیش بودم. پس من خودم یك امر مستمر هستم ولی مزاج محال است كه استمرار داشته باشد و دائماً در حال سیلان است. اگر نفس عین مزاج می بود عین سیلان بود و من نمی توانستم وجود خودم را به صورت یك امر مستمر احساس كنم. تا اینجا خیلی ارتباطی به بحث ما ندارد.

بعد آن شخص گفته است كه ما اگرچه دائماً در حال تغییر هستیم ولی یك موجود باقی هستیم. از این مطلب كه نفس یك جوهر باقی است اگرچه دائماً در حال تغییر است، چنین بر می آید كه بوی حركت جوهری به مشام گوینده ی آن رسیده است. مرحوم آخوند همچنین می گوید این مسئله كه نفس، مزاج نیست آنقدر برهان دارد كه احتیاجی به این حرفها نیست.

این سخن كه «نفس در عین اینكه باقی است متغیر است» به چه معناست و آیا حاوی تناقض نیست؟ پاسخ این است كه نفس برخلاف عقل كه یك حقیقت مجرد است یك حقیقت نیمه مادی و نیمه مجرد است، یعنی پایی در ماده دارد و سری بیرون از ماده. نفس از آن جهت كه در ماده است متغیر است و از آن جهت كه بیرون از ماده است ثابت است. پس در اینجا تناقضی نیست. این یك مطلب داخل پرانتز بود و حال به «تنبیهٌ و توضیحٌ» می پردازیم.