درحال حاضر سه پژوهشكده مشتمل بر سیزده گروه علمی اصلی، سه حلقه بحث و پژوهش و چهار حلقه نقد در رشته‌های مختلف پژوهشی فعالیت دارند و محور اصلی فعالیتهای پژوهشگاه در گروههای علمی ساماندهی شده است كه وظیفه اساسی آنها: تهیه فهرست عنوانهای مطالعاتی، اولویت‌گذاری، تعریف و تهیه پیش طرح، تأیید صلاحیت محققان، تصویب طرحهای تحقیقاتی، نظارت بر حسن جریان اجرای تحقیقات، و تأیید نهایی حاصل تحقیق می‌باشد.
این وظایف طی فرآیند دقیق و تعریف شده‌ای تحقق می‌یابد و مجموعاً حدود 300 محقق حوزوی و دانشگاهی به صورت عضویت تمام وقت و پاره‌وقت در هیأتهای علمی گروه‌ها و اجرای تحقیق با بخشهای تحقیقاتی همكاری می‌كنند.
به منظور آشنایی بیشتر با پژوهشكده‌ها و گروه‌ها به شرح اهداف و برنامه‌های كلان هر یك می‌پردازیم:
این پژوهشكده دارای پنج گروه علمی با عنوانهای:
«معرفت‌شناسی»، «قرآن‌پژوهی»، «فلسفه»، «كلام و دین‌پژوهی» و «اخلاق و عرفان» می‌باشد.
اهداف و برنامه‌های كلی پژوهشكده
بازپژوهی و بازپیرایی حكمت و كلام و معارف اسلامی،
تبیین و ساماندهی مناسب مباحث زیرساختی اندیشه دینی با توجه به نیازها و نظریه‌های جدید،
ایجاد بستر مناسب برا ی تعمیق و پویایی و بالندگی اندیشه دینی به تناسب نیازهای زمانه،
پاسخ به شبهات القائی در قلمرو و عقاید و كلام اسلامی،
نقد مكاتب و دیدگاههای معارض در حوزه زیرساختهای اندیشه دینی.