با اتكال به ذات اقدس باری تعالی به انگیزه تعمیق پژوهشهای نظام مند دینی با التزام به قوانین موضوعه كشوری و مقررات حاكم بر تشكیل مراكز و مؤسسات فرهنگی، مركز دانشنامه ها به عنوان یكی از تشكیلات وابسته به معاونت امور پژوهشی و همكاری‌های علمی پژوهشگاه تشكیل گردیده است.
موضوع فعالیت آن برنامه ریزی، مدیریت و پیگیری امور طراحی، تألیف و انتشار دانشنامه‌های پژوهشگاه می‌باشد كه تحت برنامه جامع دانشنامه نگاری دینی سامان یافته است. اركان اصلی مركز دانشنامه‌ها عبارتند از: رئیس پژوهشگاه، معاون امور پژوهشی و همكاری‌های علمی پژوهشگاه، رئیس مركز دانشنامه‌ها و سرپرستان دانشنامه‌ها.
شرح وظایف و ارتباط درون سازمانی اركان فوق و زیرمجموعه‌های وابسته به آنها مطابق اساسنامه مركز و همچنین آیین نامه‌های مصوب، تعریف شده و پیگیری و نظارت بر حسن اجرای وظایف برعهده این مركز می‌باشد.