حوزه‌های علمیه از دیرباز تاكنون، مسؤولیت پاسداری از كیان اعتقادی جامعه اسلامی را بر دوش داشته‌ و دارند. در همین راستا، علمای دلسوز و آینده‌نگر همواره درصدد ایجاد مؤسساتی بوده‌اند كه با تربیت افرادی آگاه به معارف اسلامی و مسایل زمان، ضمن پاسخ‌گویی به نیازهای جامعه، با برداشت‌های نادرست از مفاهیم دینی و گرایش‌های انحرافی مقابله كنند. مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) از مؤسساتی است كه با همین انگیزه پایه‌گذاری شده است. فعالیت‌های مؤسسه با تأسیس بخش آموزش «مؤسسه در راه حق» شكل گرفت. با توصیه امام راحل(ره) به ادامه و توسعه فعالیت‌های بخش آموزش «مؤسسه در راه حق» و تقبل هزینة آن از سوی آن رهبر فرزانه، این برنامه‌ها در سطح وسیع‌تری ادامه یافت و به تأسیس «بنیاد فرهنگی باقرالعلوم(ع)» انجامید.
پس از رحلت آن امام عزیز، با عنایت‌ها و حمایت‌های بی‌دریغ خلف صالحش، مقام معظم رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای(مدظله‌العالی) فعالیت‌های موسسه توسعه و ادامه یافت، تا این‌كه با كمك‌های مادی و معنوی ایشان، در سال 1374، مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) در محل فعلی آن تأسیس گردید. ساختمان مؤسسه در زمینی به وسعت هفت‌هزار متر مربع و 25هزار متر مربع زیربنا در هشت طبقه، بخش‌های مختلف آموزشی، پژوهشی، فرهنگی تربیتی، اطلاع‌رسانی و اداری ـ مالی را در خود جای داده است.