مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) از نهادهای رسمی حوزه علمیه قم است كه رسمیت آن در تاریخ 20/4/1374 از سوی شورای عالی انقلاب فرهنگی به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ابلاغ شده و هم‌ اكنون در سطوح كارشناسی، كارشناسی ارشد و دكتری، در رشته‌های مختلف علوم اسلامی و انسانی پذیرای دانش‌پژوهان است. حوزوی بودن مؤسسه، همواره مورد توجه مسؤولان امر بوده و اقدامات زیر در همین راستا انجام گرفته است:

1. برنامه‌های مؤسسه قبل از تصویب شورای عالی برنامه‌ریزی وزارت علوم، تحقیقات و فن‌آوری به تصویب شورای عالی حوزه علمیه رسیده است.

2. دانش‌پژوهان مؤسسه، طلابی هستند كه حداقل سطح یك دروس حوزه را گذرانده‌اند.

3. درس‌های اصلی حوزه، جزو برنامه و دوره تحصیلی دانش‌پژوهان است و آنان موظفند تحصیل در حوزه را ادامه دهند.

4. دانش‌پژوهان به لحاظ مقررات اداری، تابع مقررات حوزه علمیه محسوب، و از مزایای آن مانند: معافیت تحصیلی، شهریه و دیگر خدمات حوزه، بهره‌مند هستند.

5. در طول دوره، دانش‌پژوهان، متناسب با حجم فعالیت‌های درسی و در حد توان به وظایف مقدس روحانیت از جمله امر تبلیغ می‌پردازند.