طبق اساسنامه موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره)، ریاست و مدیریت آن از سوی رهبر معظم انقلاب  تعیین می‌شود. در حال حاضر این مهم از سوی معظم‌له به استاد علامه محمد تقی مصباح یزدی  كه تأسیس موسسه، هدایت و مدیریت و توسعه كمی و كیفی آن را به عهده داشته اند واگذار شده است.