با توجه به انگیزه‌های اصلی تشكیل مؤسسه، مهم‌ترین اهداف آموزشی و پژوهشی آن عبارتند از:

1- تبیین و به‌كارگیری معارف اسلامی در رشته‌های مختلف علوم انسانی.

2- تربیت محققان صاحب‌نظر در معارف اسلامی و علوم انسانی، و دارای صلاحیت علمی لازم برای مقابله با اندیشه‌های انحرافی و التقاطی.

3.  تربیت اساتید با تجربه و متعهد به ‌منظور تأمین اعضای هیأت علمی حوزه و دانشگاه.