رشته تاریخ ضمن این‌كه در جامعه دینی ما ارتباط محكمی با رشته علوم قرآنی و حدیث دارد، در حوزه علوم انسانی نیز در شمار رشته‌های مادر شمرده می‌شود و تغذیه‌كنندة علمی رشته‌هایی چون علوم سیاسی و جامعه‌شناسی است. این رشته از دیر زمان مورد توجه حوزه‌های علمیه بود و اندیشمندان بسیاری به آن پرداخته‌اند تا آن‌جا كه «علم رجال» از دروس رسمی حوزه‌های علمیه است.

در این میان، سابقه تشكیل این گروه به بنیاد باقرالعلوم و سال 1369 برمی‌گردد، اما شورای علمی آن فعالیت‌ رسمی خود را از ابتدای بهمن‌ماه سال 1379 آغاز كرده است. ایجاد بسترهای لازم برای تبیین درست تاریخ اسلامی و جهان در قالب تربیت محققان و پژوهش‌گرانی اسلام‌شناس، تدوین نظام‌مند متون مناسب و مورد نیاز تاریخی به ویژه تاریخ تشیع، استخراج تاریخ از منابع اصلی دین (قرآن و فرهنگ روایی) و تحلیل و تبیین شایسته آن، پژوهش پيرامون عبرت‌پذيري از تاريخ با هدف كسب ره‌توشه‌هاي اخلاقى، اجتماعی و سیاسی برای مسلمانان و.. از جمله اهداف كلان این گروه است. این گروه دارای 7 عضو هیأت علمی می‌باشد. گفتنی است در این رشته تعداد 13 نفر در مقطع كارشناسی ارشد و تعداد 4 نفر در مقطع دكتری در حال تحصیل هستند. گرايش‌هاي موجود اين رشته در مقاطع كارشناسى، كارشناسی ارشد و دكتری به ترتیب به این شرح است: تاریخ اسلام، تاريخ تشيع و تاريخ تشيع اثني‌عشرى. كتاب‌های منتشر شده گروه تاریخ عبارتند از: سازمان وكالت و نقش آن در عصر ائمه، نقش امام سجاد(ع) در رهبری شیعه، تاريخ تشيع از آغاز تا پايان غيبت صغرى، رازداران حریم اهل‌بیت(ع)، نخستین گزارش مستند از نهضت عاشورا، جنگ‌های ارتداد و بحران جانشینی پیامبر. قابل ذكر است انتشار فصلنامه‌ای با عنوان «تاریخ در آینه پژوهش» از دیگر اقدامات این گروه است.