«در حـالیكه بیـش از 5 مـاه ولادت روح الـلـه  نمى گذشت، طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حكومت وقت نداى حق طلبـى پـدر را كه در برابر زورگـوئیهایشان بـه مقاومت بـر خاسته بـود، با گلـوله پاسـخ گفـتـنـد و در مـسیر خمیـن به اراك وى را بـه شهادت رسانـدنـد.»

زمانه و زمینه های شهادت سید مصطفی، نمایی روشن از همه جای ایران بود. حكومت مركزی به غایت ضعیف و ناتوان شده بود. شاه قاجار (مظفرالدین شاه)[1] { تصویر } اداره كشور را به كسانی بی كفایت تر از خود سپرده بود و خود همه وقت و توان و ثروت دولتی اش را صرف معالجه خود می كرد . بابت چندین سفر به اروپا و معالجه مزاج علیلش، كشور را به چندین بانك خارجی مقروض كرد و اوضاع و احوال برخی شهرهای ایران، از جمله خمین و گلپایگان وسلطان آباد (اراك) بسیار بد گزارش می شد . هركس كه ثروتی و زمینی و چند حلقه چاه داشت، تفنگچی نیز استخدام می كرد . زور و ستم، تنها زبانی بود كه خوانین و حكومتی ها با آن تكلم می كردند و مردم را به شنیدن و تمكین در برابر خود، می خواندند.

در چنین اوضاع و احوالی آقا مصطفی تصمیم گرفت با عضدالسلطان والی سلطان آباد[2]، دیدار و گفتگو كند . بامداد روز جمعه، دوازدهم ذی قعده سال 1320، پس از خواندن نماز صبح، خمین را همراه چند تن همراه و محافظ، به قصد اراك ترك گفت . در یك فرسنگی آبادی حسن آباد، خستگی راه را از تن می ریختند كه دو سواره پیش روی آنان ظاهر شدند: جعفرقلی خان و رضاقلی سلطان، سلام كردند . یكی از آن دو مشك آبی را از خرجین اسب بیرون آورد و به آقا مصطفی تعارف كرد . سید، آن دو را می شناخت و حتی به تقاضای آنان برای همراه شدن با او در این سفر، پاسخ رد داده بود . گویا از جایی شنیده بود كه آن دو قصد جانش را كرده اند . به رسم ادب، قدری از آن آب را نوشید و هنوز مشك را پایین نیاورده بود كه دو تیر قبا و قلبش را دریدند . قاتلان سید، از معركه گریختند و مدتی اجرای عدالت را در حق خود به عقب انداختند . همراهان سید شهید، با اندوه فراوان پیكی را به سلطان آباد (اراك) فرستادند و خبر شهادت عالم خمین را به مردم رساندند . جمعیتی انبوه به استقبال جسم خونین سید مصطفی به دروازه شهر هجوم آوردند و معتمدالسادات، عالم بزرگ اراك تحت الحنك به دوش انداخت و كفش از پای در آورد و جنازه را از پشت اسب بر دوش مردم نهاد، مراسم كفن و دفن همان جا صورت پذیرفت.[3]  اراك به سوگ نشست و علمای تهران در عزای سید مصطفی گزارشهایی اندوهگینانه از شهرهای كوچك به مردم دادند . اصفهان و گلپایگان و خوانسار تا چهلمین روز شهادت آن عالم جلیل القدر و مظلوم، پی در پی مجلس سوگ برپا كردند . اما خمین را آشوبی دیگر بود و پیر و جوان آن بر سر و سینه می كوبیدند . هاجر، همسر داغدارش از همه بی تاب تر بود . سید مرتضی [4] پسر مهتر شهید، به پشت بام برج پناه برده بود كه در آنجا اشك بریزد و از همان جا دید كه مردم خانه های جعفرقلی خان و رضاقلی سلطان را در آغوش خشم خود می سوزانند .

امین سلطان، صدر اعظم مظفرالدین شاه برای اعاده حیثیت به حكومت آشفته قاجار، سردار حشمت را ماموریت داد كه قاتلان سید مصطفی خمینی را قصاص كند . قاتلان به قلعه ای در دو فرسنگی شهر گریختند . فوجی از قشون حكومتی پس از چند روز محاصره قلعه، درهای آن را گشودند و رضاقلی سلطان را مرده یافتند . جعفر قلی خان را همراه با زنی كه با او در قلعه بود، دستگیر كرده به تهران فرستادند . از طرف برخی اعیان حكومتی از جمله وزیر خلوت یا همان وزیر دربار ، اقداماتی برای آزاد كردن قاتل صورت گرفت; ولی مردم و علمای شهرهای تهران و اراك سخت برقصاص او پای فشردند . پافشاریهای مردم، علما و فرزندان سید مصطفی دربار را به اعدام جعفرقلی خان مجبور كرد . آیة الله پسندیده كه در آن زمان بهسید مرتضی شهرت داشت و دوران نوجوانی را می گذراند، ماجرای قصاص قاتل پدرش را این گونه به یاد می آورد:

"در چهارم ربیع الاول 1323 ه ق . قاتل را برای اعدام به میدان بهارستان بردند . به من و برادرم گفتند به منزل برویم . چون بچه بودیم و متاثر می شدیم، ولی سایرین به میدان رفتند . مطابق رسم آن روزگار، قاتل، میر غضب و شاه [ولیعهد] كه همگی در میدان حاضر بودند، لباس قرمز برتن داشتند . سر جعفرقلی خان را بریدند ... چند روز بعد از اعدام قاتل، همراهان برای بازگشت به خمین گاری كرایه كردند" . [5]