اندكـى پـس از هجرت آیه الله العظمـى حاج شیخ عبد الكریـم حایرى یزدى ـ رحـمه الله علیه ـ (نـوروز 1300 هـجـرى شمسـى، مـطابق بـا رجب المـرجب 1340 هجـرى قمـرى ) امام خمینى نیز رهـسپار حـوزه علمیه قـم گردید و به سرعت مراحل تحصیلات تكمیلى علوم حـوزوى را نزد اسـاتید حـوزه قـم طـى كرد. كه مـى تـوان از فرا گرفتـن تـتـمـه مباحث كـتاب مطـول (در علـم معانى و بیان ) نزد مرحوم آقا میـرزا محمـد علـى ادیب تهرانـى و تكمیل دروس سطح نزد مرحـوم آیه الـله سید محمد تقـى خـوانسارى، و بیشتر نزد مرحـوم آیه الـله سیـد عـلى یثربى كاشانى و دروس فـقـه و اصـول نزد زعیـم حـوزه قـم آیـه الـله العظمى حاج شیخ عبدالكریـم حایرى یزدى ـ رضـوان الـلـه علیهـم نام برد.

پـس از رحلت آیه الله العظمـى حـایـرى یزدى تلاش امـام خمینـى به همراه جمعى دیگر از مجتهدیـن حـوزه علمیه قـم به نـتیچـه رسیـد و آیه الله العظمـى بروجردی (ره) به عنـوان زعیـم حـوزه عـلمیـه عازم قـــم گـردیـد. در این زمان، امام خمینـى به عـنـوان یـكـى از مـدرسیـن و مجتهدیـن صـاحب راءى در فـقـه و اصـول و فلسفه و عرفــان و اخلاق شناخته مى شد . حضرت امام طى سالهاى طولانى در حوزه علمیه قـم به تدریـس چندیـن دوره فقه، اصـول، فلسفه و عرفان و اخـلاق اسـلامى در فیضیه، مسجـد اعظم، مسجـد محمـدیه، مـدرسه حـاج ملاصـادق، مسجد سلماسى، و ... همت گماشت و در حـوزه علمیه نجف نیز قریب 14 سال در مسجـد شیخ اعظـم انصــــارى (ره) معارف اهل بیت و فـقـه را در عالیترین سطـوح تدریـس نمود و در نجف بـود كه بـراى نخـستیـن بار .مبانـى نظرى حكـومت اسلامـى را در سلسله درسهاى ولایت فـقیه بازگـو نمود.