روز 13 مهرماه 1343 حضرت امام به هـمـراه فرزنـدشان آیه الله حاج آقا مصطفـى از تركیه به تبعیدگاه دوم، كشـور عراق اعزام شدند . امام خمینى پس از ورود بـه بـغداد بـراى زیارت مرقـد ائـمه اطهار (ع) به شهــرهــاى كاظمیـن، سامـرا و كـربلا شتـافت ویك هـفـته بعد بـه محل اصلـى اقـامت خـود یعنـى نجف عزیمت كرد.

دوران اقامت طـولانـى و 13 ساله امام خمینى در نجف در شرایطى آغاز شد كه هر چند در ظاهر فشارها و محدودیـتهاى مستقیـم در حـد ایـران و تـركیه وجـود نـداشت اما مخالفـتها و كارشكـنیها و زخـم زبانهـا نـه از جـبـهـه دشمـن رویارو بـلكه از ناحیه روحانى نمایان و دنیا خـواهان مخفى شده در لباس دیـن آنچنان گـسترده و آزاردهنده بود كه امام با هـمـه صـبر و بـردبارى معروفـش بارها از سخـتى شرایط مبارزه در ایـن سالها بـه تلخى تمام یاد كرده است. ولى هیچیـك از ایـن مصـائب و دشـواریها نـتـوانـست او را از مـسیــرى كه آگـاهانه انتخاب كرده بود باز دارد .

امام خمینى سلسله درسهاى خارج فـقه خـویـش را با همه مخالفتها و كارشكنیهاى عناصر مغرض در آبان 1344 در مسجد شیخ انصارى (ره) نجف آغاز كرد كه تا زمان هجـرت از عراق به پاریـس ادامه داشت . حوزه درسى ایشان به عنـوان یكى از برجسته تریـن حوزه هاى درسى نجف از لحـاظ كیفیت و كمیت شـاگـردان شنـاخته شـد .

امام خمینـى از بدو ورود بـه نجف بـا ارسال نامـه ها و پیكـهایى بـه ایران، ارتباط خویـش را بـا مـبارزیـن حـفـظ نـموده و آنان را در هـر منـاسبـتـى بـه پـایـدارى در پیگیـرى اهـداف قیام 15 خـرداد فـرا مى خواند .

امام خمینى در تمام دوران پـس از تـبـعید، علیرغـم دشواریهاى پدید آمـده، هیچگاه دست از مبارزه نـكـشیـد، وبـا سخنـرانیها و پیامهـاى خـویـش امیـد به پیـروزى را در دلها زنـده نگـاه مى داشت .

امام خمینى در گفتگـویى با نمانیده سازمان الفـتـح فـلسطیـن در 19 مهر 1347 دیـدگاههاى خویش را درباره مسائل جهان اسلام و جهاد ملت فلسطین تشریح كرد و در همین مصاحبه بر وجوب اختصاص بخشى از وجـوه شـرعى زكات بـه مجـاهـدان فلسطینـى فتـوا داد .

اوایل سال 1348 اختلافات بیـن رژیـم شاه و حزب بـعث عراق بـر سر مرز آبـى دو كشـور شدت گرفت. رژیـم عراق جمع زیادى از ایـرانیان مقیـم این كشـور را در بـدتریـن شرایط اخراج كرد. حزب بـعث بـسیار كوشید تا از دشمـنى امام خمیـنى با رژیـم ایـران در آن شرایط بـهـره گیرد .

چهار سال تـدریس، تلاش و روشنگرى امام خمیـنـى تـوانسته بـود تا حـدودى فضاى حـوزه نجف را دگرگـون سازد. اینـك در سال 1348 علاوه بر مبارزین بیـشمار داخل كشور مخاطبین زیادى در عراق، لبـنان و دیگر بـلاد اسلامـى بـودنـد كه نهـضت امام خمینى را الگـوى خویـش مى دانستند