مقام معظم رهبری صاحب دو فرزند دختر و چهار فرزند پسر به نام های سید مجتبی، سید مصطفی، سید مسعود و سید میثم هستند.
یكی از دختران ایشان، همسر فرزند آیت الله محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است.
آقا سید مجتبی خامنه‌ای با دختر آقای دكتر غلامعلی حداد عادل ازدواج كرده‌است.
آقا سید مصطفی دیگر فرزند ایشان با دختر آیت الله خوشوقت ازدواج كرده‌است و آقا سید مسعود نیز با فرزند آیت‌الله سید محسن خرازی ، ازدواج كرده اند.
حجت الاسلام احمد مروی معاون ارتباطات حوزه‌ای دفتر رهبر انقلاب درباره فرزندان مقام معظم رهبری چنین اظهار داشته است :
ایشان چهار پسر دارند كه هر چهار نفر، طلبه و معمم هستند ... فرزندان ایشان در دفتر مسئولیتی ندارند. فقط در نشر آثار همكاری دارند.[1]
[1] - روزنامه «جام‌جم» از، ویژه‌نامه «تداوم آفتاب»، به مناسبت آغاز بیستمین سال رهبری آیت‌الله خامنه‌ای