آیة الله صدوقی تحصیل را از مكتب خانه های قدیم آغاز كرد و از همان ابتدا هوش سرشارش موجب اعجاب همگان بود در سن 13 سالگی وارد مدرسه عبدالرحیم خان یزد شد و به كسوت اهل علم و روحانیان در آمد. مقدمات علوم اسلامی را تا لمعه (شهید اول ) و قوانین الاصول (میرزای قمی ) فراگرفت پس از آن به اصفهان رفته و در مدرسه علوم دینی امام صادق چهار باغ ساكن شد اما بروز برخی مشكلات از جمله كبود امكانات و شدت سرما و یخ بندان آن سال او را مجبور به بازگشت به یزد كرد و تحصیل در حوزه علمیه اصفهان بیش از یكسان نپایید.

حدود سال 1348 بود كه با دختر عموی خود ((میرزامحمد كرمانشاهی )) ازدواج نمود. در سال 1349 روانه شهر قم شد تا تحصیل را ادامه دهد.

او خود چنین می گوید: «بنده در سال 1349 ه.ق كه وارد قم شدم، دو سه روز پس از ورود با «امام خمینی» آشنا شدم و كم‌كم آشنایی ما بالا گرفت و به رفاقت كشید و گاه در تمام مدت شبانه‌روز با ایشان بودم».[1]

در حوزه پرعظمت قم دانش و امانتداری او مورد توجه بزرگان قرار گرفت و آیة الله شیخ عبدالكریم حائری یزدی در قسمتی از كارها از او كمك گرفت. یكی از كارهای او تقسیم شهریه حاج شیخ عبدالكریم بود. در آن زمان رسم چنین بود كه افراد وجیه و سرشناس شهریه را تقسیم می كردند تا پرداخت شهریه به بزرگان محترمانه صورت گیرد و این انتخاب خود نشان دهنده شخصیت اوست . حافظه ای قوی داشت به طوری كه در روز عده زیادی را شهریه می داد و نام و مقدار پرداختی را شب یادداشت می كرد و تمام افراد و مبالغ را كاملا به خاطر داشت. [2]

همزمان با تحصیل، خود نیز به تدریس دروس سطح مشغول گردید و به جهت برخورداری از بیان شیوا و حافظه‌ی قوی و محضر خوش، تدریس وی مورد استقبال طلاب جوان قرار گرفت، كه اكثر فضلا و مدرّسین فعلی حوزه، درس شیرین شرح ‌لمعه و سطح او را به یاد می‌آورند.