آیة الله صدوقی پس از چند سال اقامت در یزد ، عازم قم شد ، و در آنجا با امام (ره) كه از مدرسین بزرگ حوزه بودند، بیش از پیش آشنا گردید . آیة الله صدوقی ، هفته ای چند جلسه به خدمت ایشان می رسیدند.

با شروع نهضت امام(ره) درسال 1341 و ادامه آن، آیة الله صدوقی نیز با نهضت ایشان همراه و همگام شد و نقش بزرگی را در سازماندهی روحانیون وروشنگری مردم یزد ایفا كرد و از آن تاریخ در تمام فراز و نشیب های حركت انقلاب اسلامی از یاران امام(ره) بود و از مروّجان افكار متعالی رهبر كبیر انقلاب اسلامی به شمار می آمد .

پس از تبعید امام (ره) به تركیه و سپس به نجف اشرف ، ارتباط مرحوم صدوقی با امام از طریق مراسلات برقرار بود و تا آخرین حد توان خویش، امام (ره) را در مبارزه با رژیم همراهی می كرد.

صدوقی پیام های امام (ره) را كه توسط تلفن به او می رسید، به اطلاع علمای مشهد، تبریز ، شیراز و دیگر شهرها می رساند.

شهید صدوقی در مبارزه با شاه ، یكی از محورهای مبارزه به حساب می آمد. او اعلامیه هایی درمحكوم نمودن جنایات رژیم از جمله فاجعه سینما ركس آبادان صادر كرد ، بعد از پیروزی انقلاب نیز در مورد مسائل مهم انقلاب همواره مورد مشورت پیشتازان روحانیت مبارز بود.