سازمان منافقین در راستای هدف پلید از بین بردن نخبگان نظام ترور آیة الله صدوقی را در دستور كار قرار دادند. آنها چندین بار او را مور سوء قصد قرار دادند. بار اول شخصی كه خود را در لباس طلبگی در آورده بود قصد ترور ایشان را داشت كه ماءموران او را با اسلحه و مواد منفجره دستگیر كردند. مرتبه دوم موتور سواری در تهران به آقا حمله كرد كه با محافظان شهید صدوقی درگیر شد و با تیراندازی پاسداران از مهلكه گریخت . مرتبه سوم در تهران به اتومبیلش یورش بردند و ناكام ماند.

در آخرین روزهای حیات آقا كه 75 سال سن داشت ، ضعیف و رنجور شده بود. روزی می گفت: آیة الله مدنی را شهید كردند، آیة الله دستغیب را شهید كردند ولی می ترسم من در بستر بمیرم و توفیق شهادت را نیابم مدتها بود در تعقیبات نمازها از خداوند طلب شهادت در راه خودش را می نمود.

از چندین هفته قبل از شهادت آقا، جوانی در حدود 25 ساله با لباس ‍ بسیجیان در مسجد آقا پیدا شده بود و زاهدانه به مسجد رفت و آمد می نمود این برخورد او باعث می شد كسی به او مشكوك نشود. روز دهم ماه مبارك رمضان سال 1360 با روز جمعه همزمان شد. آیة الله صدوقی غسل جمعه نمود و به طرف مسجد ملااسماعیل حركت كرد. خطبه های نماز جمعه را خواند و سپس به نماز ایستاد چون نماز تمام شد یكی از پاسداران آقا كفشهای آقا را جلو پایش جفت كرد و قبل از اینكه آقا پایش را در كفش كند یكباره همه چیز عوض شد. جوان منافق از پشت سر هجوم آورد و آقا را گرفت و سخت به عقب كشید. ناله ای از آقا برخاست و ناگاه صدای انفجار مهیبی در فضای مسجد پیچید! شور و غوغا مسجد را فرا گرفت ، آقا از پشت به زمین افتاد، پهلو و كمرش دریده و متلاشی شده و .... سرانجام ساعت یك و نیم بعد از ظهر جمعه یازدهم تیرماه 1361  پیر خسته دل 75 ساله با دهان روزه، در محراب نماز جمعه جام وصال نوشید و بدین سان دفتر عمر سراسر زهد و تلاش و خدمت و جهاد و مبارزه‌ی وی بسته می‌شود و حیات جاودان و ابدی در جوار رحمت الهی – با نیل به فیض شهادت – آغاز می‌گردد. ((ای خوشا با نعش خونین در لقای یار رفتن )).

به فرموده‌ی امام خمینی: «چه كسی اولی به شهادت است در عصری كه استكبار جهانی و فرزندان خلف آن در داخل و خارج، اسلام عزیز را تهدید می‌كنند؛ از امثال شهید بزرگوار ما و فقیه متعهّد و فداكار اسلام، شهید صدوقی عزیز رضوان‌الله تعالی علیه؛ شهید بزرگی كه در تمام صحنه‌های انقلاب حضور داشت و یار و مددكار مستمندان بود و وقت عزیزش را صرف در راه پیروزی اسلام و رفع مشكلات انقلاب می‌كرد و برای خدمت به خلق و انقلاب سر از پا نمی‌شناخت».[i]

روز شنبه بر جنازه آیت كویر نماز خواندند و در میان انبوه جمعیت تشییع جنازه انجام گرفت و در خانه ابدی خویش قرار گرفت . حضرت امام در پیام تسلیت ایشان فرمودند:

((اینجانب دوستی عزیز كه بیش از سی سال با او آشنا و روحیات عظیمش ‍ را از نزدیك درك می كردم از دست دادم و اسلام خدمتگذاری متعهد را و ایران فقیهی فداكار و استان یزد سرپرستی دانشمند را از دست داد...))

روانش شاد و یادش جاودانه و راهش پر رهرو باد.[ii]