از خصوصیات آشكار آن عالم وارسته این بود كه هیچ گاه در مبارزه با انحرافات و كجروی ها سستی نشان نمی داد و در مقام نهی از منكر و دفع بدعتها و خلافها شجاع بود.
در زمان حكومت طاغوت، با قوانین ضدخدایی شاه معدوم به طور محسوس مخالفت می نمود و رسما در صف مبارزان و مخالفان رژیم قرار داشت.
گاهی در مجالس عمومی، علیه نظام ستم شاهی سخنرانی می كرد. تا اینكه جریان انجمنهای ایالتی و ولایتی پیش آمد، اولین جلسه مراجع بزرگ قم برای مقابله با قوانین باطل، در منزل ایشان تشكیل شد.
روزنامه های عصر تهران كه تصویب نامه دولت و قیود تغییر یافته آن را منتشر ساختند، نزدیك غروب به قم رسید، و به دنبال آن طوفانی از خشم و ناراحتی در میان عموم طبقات خاصه جامعه روحانیت پدید آمد، آن روز بعد از نماز مغرب و عشاء تقریبا سه ساعت بعد از رسیدن جرائد در قم، در منزل آیة الله حائری چند تن از علماء و آیات عظام قم، چون آیه الله خمینی(ره) و آیه الله گلپایگانی ... با حضور حاج آقا مرتضی فرزند بزرگوار حاج شیخ عبدالكریم حائری، به طور فوق العاده جلسه ای تشكیل شد و تا پاسی از شب پیرامون تصویب نامه دولت و نحوه اقداماتی كه می باید انجام گیرد به مذاكره پرداختند.
بعد از صدور اعلانیه مراجع بزرگ قم، تلگراف دیگری صادر شد كه آقایان علما و آیات عظام مرحوم سید احمد زنجانی و محقق داماد و حاج شیخ هاشم آملی و حاج آقامرتضی حائری آن را امضاء كرده بودند و در روز17 مهرماه 1341 كه فقط یك شب از اعلام آن در جراید شهر تهران می گذشت مخابره گردید.
حاج آقا مرتضی بعد از دستگیری امام خمینی(ره) همراه علمای دیگر قم اعلامیه های مشتركی در تایید نهضت آن قائد عظیم الشاءن امضا نمود و پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران به عنوان یكی از اعضاء مجلس خبرگان قانون اساسی انتخاب شد و در آن مجلس حضور یافت.
امام خمینی(ره) نیز برای این عالم بزرگوار احترام ویژه ای قائل بود و در پیامی وی را چنین ستود:
«این بزرگوار، علاوه بر مقام فقاهت و عدالت از صفای باطن به طور شایسته برخوردار بودند و از اوائل نهضت اسلامی ایران از اشخاص پیش قدم در این نهضت مقدس بودند. فجزاه الله عن الاسلام خیرا». [1]
[1] - كوثر: مهر 1377، شماره 19