مرحوم آیة الله حاج آقا مرتضی حائری پس از عمری تلاش و كوشش در راه احیای دین مبین اسلام و تربیت شاگردانی والامقام دچار كسالت قلبی شده و این موجب گردیده بود گاهی در كار تدریسشان وقفه ای به وجود آید.

خصوصا در ماههای اخیر عمرشان كه با سختی تدریس می فرمود، اما عنایت و توجه و اهمیت درس برای ایشان به اندازه ای بود كه با همان حال مریضی به خود اجازه نمی دادند كه درس را تعطیل كنند.

بالاخره در شب 24 جمادی الثانی 1406 مصادف با 25 اسفند 1364 روح پاكش به ملكوت اعلی پیوست.

صبح روز بعد، جنازه آن زاهد عالم را از مدرسه روبروی منزلشان تشییع كردند و به صحن حرم مطهر حضرت معصومه (س) آوردند. آیة الله حاج سید محمد رضا گلپایگانی (ره) بر پیكر پاك آن مرحوم نماز خواندند و جنازه را به سوی مسجدبالاسر آن حضرت بردند و پایین پای پدر بزرگوارش به خاك سپردند. [i]