شهید مطهری در مورد آزادی عقیده، حدود و شرایط آن در کتاب جهاد و آینده انقلاب اسلامی و دیگر کتب بحث های خوب و جامعی مطرح کرده اند.

 شهید مطهری ره در کتاب جهاد می فرمایند: در مورد آزادی عقیده، فرق است میان «آزادی فکر» و «آزادی عقیده». فکر منطق است. انسان یک قوه‏ای دارد به نام قوه تفکر که در مسائل می‏تواند حساب کند و براساس تفکر و منطق و استدلال انتخاب کند، ولی عقیده به معنی بستگی و گره خوردگی است. ای بسا عقیده‏هایی که هیچ مبنای فکری ندارد، مبنایش صرفاً تقلید است، تبعیت است، عادت است، حتی مزاحم آزادی بشر است. آنچه که از نظر آزادی بحث می‏کنیم که باید بشر در آن آزاد باشد فکر کردن است. اما اعتقادهایی که کوچکترین ریشه فکری ندارد، فقط یک انعقاد و یک انجماد روحی است که نسل به نسل آمده است، آنها عین اسارت است و جنگیدن برای از بین بردن این عقیده‏ها جنگ در راه آزادی بشر است نه جنگ علیه آزادی بشر.

 آن کسی که آمده در مقابل یک بت که خودش به دست خودش ساخته از او حاجت می‏خواهد، او به تعبیر قرآن از یک حیوان خیلی پست‏تر است؛ یعنی عمل این آدم کوچکترین مبنای فکری ندارد، اگر فکرش یک ذره تکان بخورد این کار را نمی‏کند. این فقط یک انعقاد و انجماد است که در دل و روحش پیدا شده و ریشه‏اش تقلیدهای کورکورانه است. او را باید به زور از این زنجیر درونی آزاد کرد تا بتواند فکر کند. بنابراین کسانی که آزادی تقلید و آزادی زنجیرهای روحی را به عنوان آزادی عقیده تجویز می‏کنند اشتباه می‏کنند. آنچه ما به حکم آیه «لا اکراه فی الدین» طرفدار آنیم آزادی فکر است نه آزادی عقیده.

به عبارت دیگر تفکر و انتخاب آزاد است یک مطلب است، و اما عقیده آزاد است مطلب دیگر است. بسیاری از عقیده‏ها و اعتقادات مبنای فکری دارد یعنی بسیاری از اعتقادها را انسان تشخیص داده و انتخاب کرده است. دلبستگی و عقد قلبی که در انسان پیدا می‏شود، در بسیاری از موارد ناشی از تشخیص و انتخاب است. اما آیا همه عقاید بشر مبنی بر فکر و تشخیص و انتخاب است؟ و یا اکثر عقاید بشر یک بستگیها و انعقادهای روحی است که هیچ مبنای فکری ندارد، مبنای‏

عاطفی دارد، مثل آنچه قرآن در باب تقالید نسلهای بعد از نسلهای پیشتر طرح می‏کند: انّا وَجَدْنا ابائَنا عَلی‏ امَّةٍ وَ انّا عَلی‏ اثارِهِمْ مُقْتَدونَ [1]

 که قرآن خیلی روی این مطلب تکیه کرده؛ و همچنین است عقایدی که با پیروی از اکابر صورت می‏گیرد. اساساً آزادی عقیده در این موارد معنی ندارد، زیرا آزادی یعنی رفع مانع از فعالیت یک قوه فعال و پیشرو، ولی عقیده به این معنی نوعی رکود و جمود است. آزادی در رکود، مساوی است با مفهوم آزادی زندانی در بقای در زندان و آزادی آدمِ به زنجیربسته در بسته بودن؛ تفاوت در این است که زندانی و زنجیریِ جسم حالت خود را حس می‏کند اما زندانی و زنجیری روح حس نمی‏کند. این است که ما می‏گوییم آزادی عقیده‏ای که ناشی از تقلید و تبعیت محیط است نه از تفکر آزاد، معنی ندارد.[2]