در تابستان سال 1358، با برگزاری انتخابات مجلس خبرگان  قانون اساسى، شهید دكتر بهشتی با رأی بالایی از سوی مردم تهران به این مجلس راه یافت. و در نخستین جلسه مجلس خبرگان در تاریخ 9/4/1358 ، به عنوان نایب رئیس برگزیده شد و اداره جلسات را نیز بر عهده گرفت. شهید بهشتی با مدیریت و توانمندی كه داشت به اداره جلسات مجلس خبرگان پرداخت.[1]

پس از آنكه مجلس خبرگان توسط نمایندگان منتخب مردم ، تشكیل شد دكتر بهشتی نایب رئیس مجلس خبرگان بود و بیشتر جلسات مجلس ‍ خبرگان به ریاست ایشان برگزار می شد. این مدیر دلسوز نظام ، به رغم مشغله كاری فراوان ، با تلاش و كوشش فوق العاده و با همفكری و همكاری یاران دلسوز امام و انقلاب ، قانون اساسی جمهوری اسلامی را تدوین كردند؛ كه به تایید امام و تصویب امت رسید. قانون اساسی در واقع خونبهای انقلاب اسلامی بود.

یكی دیگر از اقدامات ایشان، روشن كردن جایگاه ولایت فقیه در این نظام مقدس بود. گرچه بعضی از لیبرال ها و ملی گرایان همچون بنی صدر خائن با آن مخالفت می كردند ولی آیة الله بهشتی با دلایل و براهین مستند به مخالفان جواب می داد. و سرانجام اصل ولایت فقیه در مجلس تصویب شد.[2]