یكی از فرزانگانی كه به محفل نورانی این عالم ربانی راه یافت، شهید آیت الله مطهری است. وی در تابستان سال 1321 ه.ش یعنی چهار سال پس از اقامت در قم ایشان به اصفهان رفت، با این مرد بزرگ آشنا شده و از محضرش استفاده كرد. این آشنایی تبدیل به ارادت زیاد از سوی وی و لطف استاد از طرف آن مرد بزرگ شد. به طوری كه بعدها حاج میرزا علی آقا به قم می آمد و در حجره شهید مطهری اقامت می گزید و علمای بزرگ در آنجا با ایشان دیدار داشتند[1] و آن متفكر شهید درك محضر این استاد را از ذخائر گرانبهای عمر خود می دانست و حاضر نبود با هیچ چیزی معاوضه كند[2].

فقیه عارف، حكیم و ادیب معاصر آیت الله حاج آقا رحیم ارباب (1297 - 1396 ه.ق) از شاگردان خاص حاج میرزا علی آقاست، وی به آقا رحیم احترام بسیاری می گذاشت و در اصفهان به نماز جمعه او حاضر می شد[3].

حسن نیت و خلوص از سراسر وجود این دانشمند گرانمایه نمایان بود[4]. آیت الله سید روح الله خاتمی (متوفی 1367 ه.ق) در این باره می گوید : «در مدرسه صدر اصفهان از استادانی استفاده كردم كه از حیث مقام اخلاق، زهد و عرفان معروف بودند و یكی از آنها حاج میرزا علی آقا شیرازی است كه از ابتدا با ایشان مانوس شدم و استفاده هایی از محضرش كردم. شرح شمسیه و قسمتی از نهج البلاغه را نزدشان خواندم و اساسا با هم مأنوس بودیم و ایشان به حجره من می آمدند و می رفتند[5].

استاد سید جلال الدین همایی (1287 - 1359 ه.ق) یكی دیگر از پرورش یافتگان برجسته حوزه درسی و تهذیب حاج میرزا علی آقاست. رابطه این استاد و شاگرد نیز به مرور زمان به اشتیاق و ارادت متقابل مبدل شد. استاد منوچهر قدسی می نویسد : «مرحوم همایی به حاجی عشق و ارادتی مالا كلام داشت و تا اوآخر عمر آن مرحوم هر گاه به ایشان بر می خورد، عاشقانه و صادقانه می گفت : دلم می خواهد یك بار دیگر قانون را در خدمت شما دوره كنم. از استعداد حاجی سخن ها داشت[6].

وقتی همایی در تابستان از تهران به اصفهان می آمد، با حاجی دیدار تازه می كرد و این ملاقات همه افاضه و استفاضه بود[7].

آیت الله احمد فیاض (متولد 1324 ه.ش) این توفیق را به دست آورد تا در اصفهان از محضر پر فیض حاج میرزا علی آقا شیرازی بهره مند شود. وی می گوید : حجره ایشان در جوار حجره من بود. نهج البلاغه تدریس می نمود و افراد زیادی در درسش شركت می كردند. در زهد، تقوا و حالات معنوی شهرت داشت و چون به نماز می رفت و طلبه ها متوجه می شدند، به وی اقتدا می نمودند. با وجود آن كه در علوم متعدد صاحب نظر و متبحر بود، ولی جنبه اخلاقی وی این توانایی ها را تحت الشعاع قرار می داد. آیت الله فیاض، مدرس پاك سیرت و بدون پیرایه ای است كه در نهایت سادگی و قناعت زندگی می كرد و از مدرسان مشهور حوزه علمیه اصفهان به شمار می رود[8].

آیت الله مشكوة (متوفی 1369 ه.ش) شاگرد مبرز حاجی میرزا علی آقاست كه بسیاری از كمالات را نزد وی آموخته. آیت الله مشكوة او كه در اصفهان و نجف تحصیلات خویش را تكمیل كرده بود، در زادگاهش «خمینی شهر» مدرسه ای تأسیس كرد و به تربیت طلاب دینی پرداخت. وی در مشكلات درسی به اهل بیت توسل می جست[9]. آیت الله شیخ جواد جبل عاملی می گوید : خدمت حاج میرزا علی آقا كه مرد مذهبی بود، درس تفسیر قرآن و نهج البلاغه می رفتم كه واقعا كم نظیر بود و برای كسانی كه این جلسات علمی را درك نكرده اند، تصورش مشكل است. آنچه می گفت، از دل بر می خاست و بر دل می نشست[10]. از دیگر شاگردان مرحوم حاج میرزا علی آقا، می توان حاج شیخ عبدالرحیم ملكان (متولد 1302 ه.ش)، آیت الله سید اسماعیل هاشمی (متولد 1333 ه.ق)، مرحوم حسین عماد زاده (متوفی 1369 ه.ش) (صاحب تألیفات متعدد در شرح حال اهل بیت (علیهم السلام)، استاد فضل الله ضیاء نور (متوفی 1604 ه.ق) و پروفسور علی شیخ الاسلام (متولد 1302 ه.ش) نام برد.[11]